Когда вы оплачиваете заказ, на самом деле происходит сразу две операции — пополнение баланса и оплата заказа с баланса. Первая операция содержит комиссию выбранной вами платёжной системы, а вторая операция — комиссию самого FunPay (подробнее).
Пополнить баланс без совершения заказа невозможно — к сожалению, подобная функциональность отсутствует.